Mặc dù men vi sinh được coi là có lợi cho sức khỏe, nhưng đối với một số người, việc sử dụng các vi sinh vật này ban đầu có thể gây ra một loạt các triệu chứng khó chịu. Khi lần đầu tiên dùng men vi sinh, một số người có thể gặp các triệu chứng như đầy hơi, tiêu chảy, nhức đầu, sốt, đau cơ, sương mù não và có thể lo lắng. Những triệu chứng này được cho là phản ứng với những thay đổi xảy ra trong cơ thể, chẳng hạn như sự tiêu diệt các mầm bệnh tiềm ẩn hoặc sự tái kích hoạt các phản ứng của đường ruột, một hiện tượng đôi khi được gọi là "phản ứng Herxheimer".
Phản ứng Herxheimer là phản ứng ban đầu thường cho thấy cơ thể đang thích nghi với môi trường vi sinh vật mới. Điều này có thể là do men vi sinh tương tác với cộng đồng vi khuẩn hiện có, gây ra cái chết của vi khuẩn hoặc giải phóng các chất chuyển hóa gây ra các triệu chứng này. Mặc dù không thoải mái nhưng phản ứng này thường chỉ tồn tại trong thời gian ngắn và giảm đi nhanh chóng. Nó có thể được coi là một phần của quá trình cân bằng nội môi của cơ thể.
Điều này thường chỉ ảnh hưởng đến một số ít người, với các triệu chứng nhẹ và thường chỉ kéo dài vài ngày đến vài tuần. Nếu những triệu chứng này làm bạn khó chịu, bạn có thể giảm liều hoặc ngừng sử dụng vài ngày trước khi thử lại; nếu những triệu chứng này kéo dài hơn một vài tuần, hãy ngừng sử dụng; Nếu bạn bị khó thở, nghẹn họng, nổi mề đay hoặc các triệu chứng dị ứng khác, vui lòng ngừng sử dụng ngay lập tức. Để giảm khả năng xảy ra tác dụng phụ, đặc biệt đối với những người có hệ tiêu hóa nhạy cảm, nên bắt đầu với một lượng nhỏ men vi sinh và sau đó tăng liều trong vài tuần.
Probiotic cần được sử dụng đặc biệt thận trọng ở những người bị suy giảm miễn dịch nghiêm trọng, vì trong một số trường hợp hiếm gặp, việc sử dụng men vi sinh có thể dẫn đến nhiễm trùng. Điều này là do hệ thống miễn dịch không thể kiểm soát hiệu quả sự phát triển của vi sinh vật trong cơ thể, gây ra nguy cơ nhiễm trùng.
Một số người có thể có phản ứng dị ứng với một số loại men vi sinh, đặc biệt là các loại nấm men liên quan đến Saccharomyces boulardii. Các loại men vi sinh khác, chẳng hạn như lactobacilli, thường không gây ra phản ứng dị ứng.
Một số chế phẩm sinh học có thể sản xuất histamine trong đường tiêu hóa. Giải phóng histamine quá mức có thể gây ra các triệu chứng như ngứa, tăng tiết nước mắt, sổ mũi, khó thở, mẩn đỏ và sưng tấy, đặc biệt đối với những người không dung nạp histamine. Tránh các chủng probiotic này để ngăn ngừa sự khó chịu.